Nie sposób wejść do tego miejsca, nie czując ciężaru jego świętości.
Krypta jest w rzeczywistości najbardziej intymną i przytulną przestrzenią w całym sanktuarium.
Już same odlewy dłoni i twarzy Jana XXIII, wykonane po jego śmierci przez wielkiego rzeźbiarza z Bergamo, Giacomo Manzù, wystarczyłyby, aby uczynić to miejsce wyjątkowym.
Dodatkowym wzbogaceniem jest krucyfiks umieszczony przed kapliczką, na pamiątkę tego, który Dobry Papież zawsze chciał mieć przed swoim łóżkiem.