Il est impossible de pénétrer dans ce lieu sans ressentir le poids de son caractère sacré.
La crypte est en effet l’espace le plus intime et le plus chaleureux de tout le sanctuaire.
Les moulages de la main et du visage de Jean XXIII, réalisés après sa mort par le grand sculpteur bergamasque Giacomo Manzù, suffiraient à eux seuls à en faire un lieu spécial.
Le crucifix placé devant la châsse, en souvenir de celui que le Bon Pape voulait toujours avoir devant son lit, l’enrichit encore.